Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan, teori Darwin justru bergerak menuju ambang kehancuran. Teori yang menyatakan bahwa nenek moyang manusia adalah kera tersebut mendapat kritikan, karena mengandung banyak kelemahan. Misalnya saja tentang catatan fosil dan keteraturan alam.
Dalam Origin of Species, Darwin menjelaskan,
"Jika teori saya benar (bahwa suatu spesies berasal dari spesies lain), pasti pernah terdapat jenis-jenis bentuk peralihan yang tak terhitung jumlahnya, yang mengaitkan semua spesies dari kelompok yang sama. Sudah tentu bukti keberadaan mereka di masa lampau dapat ditemukan pada peninggalan fosil-fosil."
Ternyata teori tersebut tidaklah benar. Menariknya, ketidakbenaran teori itu dinyatakan oleh Darwin sendiri, sehingga ia mengaku jadi terbingung-bingung,